申请香港博士研究生项目被拒后会影响第二年申请吗？

不会的，有看到过两次申请香港的学校，被拒后，第三年拿到offer的。第二年申请，学校会重新审核你的材料，但有可能你之前被拒的原因会有记录。如果你的各方面的水平相较于前一年有了不少提升，肯定还是很有希望的。