自己已经25岁了，今年高考考了531，来到二本，但不幸的未能取得毕业证书，已过2年，如今想来日本，还能去吗？

不知道你是想去读本科还是硕士，如果是本科的话用高中毕业证是可以申请的，不过大学这段时间的空白期需要开一份空白期证明来弥补。还可以考虑去日本读专门学校，专门学校毕业后也可以继续攻读日本的本科，并且可以插班。相对来说日本的专门学校申请回容易一些，因为你的空白期时间较长。